Snakemake auf Cluster unterschiedliche Arten

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Expand view Topic review: Snakemake auf Cluster unterschiedliche Arten

by Anonymous » 02 Apr 2025, 12:17

Wenn Sie Snakemake auf einem Cluster ausführen, und wenn wir keine spezifischen Anforderungen für einige Regeln für die Anzahl von Kernen/Speicher haben, was ist der Unterschied zwischen:
  • Verwenden des klassischen Weges, d. H. Regel)
  • Verwenden von Snakemake wie ein normales Tool und rufen Sie es mit Srun in einem Sbatch-Skript auf, ohne es zu sagen, dass dies eine Slurm-Umgebung ist (1 Job = Ganze Pipeline)
Beispiel der zweiten Option:

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