Bestimmen Sie die Position einer eingefügten Zeichenfolge in einem anderen

Post a reply

Smilies
:) :( :oops: :chelo: :roll: :wink: :muza: :sorry: :angel: :read: *x) :clever:
View more smilies
BBCode is ON
[img] is ON
[flash] is OFF
[url] is ON
Smilies are ON
Topic review
   

Expand view Topic review: Bestimmen Sie die Position einer eingefügten Zeichenfolge in einem anderen

by Anonymous » 11 Apr 2025, 13:11

Nach diesem Beitrag gelang es mir, eine kleine Funktion zusammenzustellen, die in einem größeren Textkörper (FASTA) kürzer aus einer anderen Datei ermittelt wird (, z. Ich möchte jedoch für diese 100 Ereignisse drucken, bei denen genau sie in den größeren Textkörper hinzugefügt wurden-idealerweise Start-End , wenn nicht zu hart.

Code: Select all

###randomly selects 100 sequences and adds them to the FASTA
def insert (source_str, insert_str, pos):
return source_str[:pos] + insert_str + source_str[pos:]

def get_retro_text(genome, all_strings):
string_of_choice = [string for string in all_strings if 400 < len(string) <  500]
hundred_strings = random.sample(string_of_choice, k=100)

text_of_strings = []
for k in range(len(hundred_strings)):
text_of_strings.append(str(hundred_strings[k].seq))

single_string = ",".join(text_of_strings)
new_genome = insert(genome, single_string, random.randint(0, len(genome)))

return new_genome

big_genome = get_retro_text(body, s)
Bearbeiten Beispiel für die Struktur von Körper und s

Code: Select all

body

Code: Select all

NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNtaaccctaaccctaacccta
accctaaccctaaccctaaccctaaccctaaccctaaccctaaccctaaccctaacccta
accctaaccctaaccctaaccctaacccaaccctaaccctaaccctaaccctaaccctaa
ccctaacccctaaccctaaccctaaccctaaccctaacctaaccctaaccctaaccctaa
ccctaaccctaaccctaaccctaaccctaacccctaaccctaaccctaaaccctaaaccc
taaccctaaccctaaccctaaccctaaccccaaccccaaccccaaccccaaccccaaccc
caaccctaacccctaaccctaaccctaaccctaccctaaccctaaccctaaccctaaccc
taaccctaacccctaacccctaaccctaaccctaaccctaaccctaaccctaaccctaac
ccctaaccctaaccctaaccctaaccctcgCGGTACCCTCAGCCGGCCCGCCCGCCCGGG
TCTGACCTGAGGAGAACTGTGCTCCGCCTTCAGAGTACCACCGAAATCTGTGCAGAGGAc
aacgcagctccgccctcgcggtGCTCtccgggtctgtgctgaggagaacgCAACTCCGCC
GTTGCAAAGGCGcgccgcgccggcgcaggcgcagagaggcgcgccgcgccggcgcaggcg
cagagaggcgcgccgcgccggcgcaggcgcagagaggcgcgccgcgccggcgcaggcgca
gagaggcgcgccgcgccggcgcaggcgcagagaggcgcgccgcgccggcgcaggcgcaga
caCATGCTAGCGCGTCGGGGTGGAGGCgtggcgcaggcgcagagaggcgcgccgcgccgg
cgcaggcgcagagacaCATGCTACCGCGTCCAGGGGTGGAGGCgtggcgcaggcgcagag
aggcgcaccgcgccggcgcaggcgcagagacaCATGCTAGCGCGTCCAGGGGTGGAGGCG
TggcgcaggcgcagagacgcAAGCCTAcgggcgggggttgggggggcgTGTGTTGCAGGA
GCAAAGTCGCACGGCGCCGGGCTGGGGCGGGGGGAGGGTGGCGCCGTGCACGCGCAGAAA
CTCACGTCACGGTGGCGCGGCGCAGAGACGGGTAGAACCTCAGTAATCCGAAAAGCCGGG
ATCGACCGCCCCTTGCTTGCAGCCGGGCACTACAGGACCCGCTTGCTCACGGTGCTGTGC
CAGGGCGCCCCCTGCTGGCGACTAGGGCAACTGCAGGGCTCTCTTGCTTAGAGTGGTGGC
CAGCGCCCCCTGCTGGCGCCGGGGCACTGCAGGGCCCTCTTGCTTACTGTATAGTGGTGG
CACGCCGCCTGCTGGCAGCTAGGGACATTGCAGGGTCCTCTTGCTCAAGGTGTAGTGGCA
GCACGCCCACCTGCTGGCAGCTGGGGACACTGCCGGGCCCTCTTGCTCCAACAGTACTGG
CGGATTATAGGGAAACACCCGGAGCATATGCTGTTTGGTCTCAGTAGACTCCTAAATATG
GGATTCCTgggtttaaaagtaaaaaataaatatgtttaatttgtGAACTGATTACCATCA
GAATTGTACTGTTCTGTATCCCACCAGCAATGTCTAGGAATGCCTGTTTCTCCACAAAGT
GTTtacttttggatttttgccagTCTAACAGGTGAAGCCCTGGAGATTCTTATTAGTGAT
TTGGGCTGGGGCCTGgccatgtgtatttttttaaatttccactgaTGATTTTGCTGCATG
GCCGGTGTTGAGAATGACTGCGCAAATTTGCCGGATTTCCTTTGCTGTTCCTGCATGTAG
TTTAAACGAGATTGCCAGCACCGGGTATCATTCACCATTTTTCTTTTCGTTAACTTGCCG
TCAGCCTTTTCTTTGACCTCTTCTTTCTGTTCATGTGTATTTGCTGTCTCTTAGCCCAGA
CTTCCCGTGTCCTTTCCACCGGGCCTTTGAGAGGTCACAGGGTCTTGATGCTGTGGTCTT
CATCTGCAGGTGTCTGACTTCCAGCAACTGCTGGCCTGTGCCAGGGTGCAAGCTGAGCAC
TGGAGTGGAGTTTTCCTGTGGAGAGGAGCCATGCCTAGAGTGGGATGGGCCATTGTTCAT
< /code>
s

Code: Select all

['ATGACGAACACAAAGGGAAGGAGGAGAGGCACGCGATATATGTTCTCCAGACCTTTTAGAAAACACGGAGTTGTTCCTTTGGCCACATATATGCGAATCTATAAGAAAGGTGACATTGTAGGCATCAAGGGAATGCATACTGTTGAAAAAGGAATGCCCGCAAGTGTTACCATGGCAAAACTGGAAGAGCCTACAATGTTCCCCAGCACGCTCTTACGTTGTTGTTAAGGGCAAGATTCTCGCCAAGAGGATTAACGTGCGTATTGAGCACATTAAGCACTCTAAGAGCTGAGATGGCTTCCTGAAACGCGTGAAGGAAAATGATAAGATAAAGAAAGACGCCGAAGAGAAAGGTACCTGGGTTCAATTGAAGCGCCAGCCTGCTCCACCCAGAGAAGCACACTGTGTGAGAACCAATGGGAAGGAGCCTGAGCTGCTGGAACCTCTTCCCTATGAATTCATGGCC',
'ATGGGCAAGTTCATAAAACCTGGGAAAGTAGTGTTGGTCCAGGCCAGACACTACACCGGATGCTACTCTGGATGCAAAACCATCATCGTGAAGAACATTGATGATGGCACCTTAGAATGCCCCGTCAGCTGTTCTCTGGTGGCTGGAATTGACTGTTATCCTTGCAAGGTGACAGCTGCCATGGGCAAGAAGAGCACCCAGAGGTCAAAGACCAAGTCTTTTGTGAAAGTTTATAACTACAATCATCTCATGCCCACAAGGCACTCTGTGGATACCCCCTTGGACAAAACTGTCATCAACAAGGATGTCTTCAGAGACCCTGCTCTTAAACACAAGGCCCAAAGGAAGGCCAAAGTCAAAATCAAAGAGAGGTAAAACCTGGGCAAGAACAAGTGGCTCTTCCAAAAGCTGTGGTTT',
'ATGGTGCCGAAAGTGAAGAAGGAAGCTCCTGCCCCTCCTAAAGCCGAAGCCAAAGCGAAGGCTTTAAAGGCCAAGAAGGCAGTGTTGAAAGGTGTCCACAGCCACAAAAAGAAGATCCACACGTCACCCACCTTCCGGCGGCCGAAGACACTGCGACTCCGGAGACAGCCCAAATATCCTCGGAAGAGCGCTCCCAGGAGAAACAAGCTTGACCACTATGCTATCATCAAGTTTCCGCTGACCACTGAGTCTGCCATGAAGAAGATAGAAGACAACAACACACTTGTGTTCATTGTGGATGTTAAAGCCAACAAGCACCAGATCAAACAGGCTGTGAAGAAGCTCTATGACATTGATGTGGCCAAGGTCAACACCCTGATTCGGCCTGATGGAGAGAAGAAGGTATATGTTCGACTGACTCCTGATTACGATGCTTTGGATGTTGCCAACAAAATTGGGATTATC']

Top