So beheben Sie "Umgebungsmodules" -Entreichungen automatisch ⇐ Linux

[Anonymous]

Ich habe mehrere Sbatch -Dateien, die Modulladen verwenden, um auf die erforderlichen Programme zuzugreifen. Die Ursache ist, dass die Abhängigkeiten des Programms, das ich verwenden wollte, durch das IT geändert wurden ... < /p>
Ich habe die Dokumentation um Umgebungsmodules durchsucht, um die Abhängigkeiten automatisch zu lösen, aber ich fand nichts Nützliches. Ich denke also, die Ausgabe von Modulladen zu analysieren und die Abhängigkeiten programmatisch zu bestimmen.

Code: Select all

$ module load pharokka
error: pharokka requires module(s) < PHANOTATE/1.5.0 MMseqs2/13-45111 tRNAscan-SE/2.0.12 minced/0.4.2 aragorn/1.2.41 Mash dnaapler > to be loaded first

Loading pharokka/1.7.5
ERROR: Module evaluation aborted
< /code>
$ module load PHANOTATE/1.5.0 MMseqs2/13-45111 tRNAscan-SE/2.0.12 minced/0.4.2 aragorn/1.2.41 Mash dnaapler
error: tRNAscan-SE requires module(s) < infernal > to be loaded first

Loading tRNAscan-SE/2.0.12
ERROR: Module evaluation aborted
< /code>
$ module load infernal
$ module load PHANOTATE/1.5.0 MMseqs2/13-45111 tRNAscan-SE/2.0.12 minced/0.4.2 aragorn/1.2.41 Mash dnaapler
error: minced requires module(s) < graalvm/ce-java11-20.0.0 > to be loaded first

Loading minced/0.4.2
ERROR: Module evaluation aborted
< /code>
$ module load graalvm/ce-java11-20.0.0
$ module load PHANOTATE/1.5.0 MMseqs2/13-45111 tRNAscan-SE/2.0.12 minced/0.4.2 aragorn/1.2.41 Mash dnaapler
$ module load pharokka

Wie kann ich das Ganze in Bash automatisieren?