Wie kann ich mit der Mdanalyse in Python auf die ursprünglichen XLO/XHI -Box -Grenzen aus einer Lammps -Dump -Datei zugr
Posted: 14 Apr 2025, 11:54
Ich arbeite mit einer LAMMPS -Flugbahn in der Mdanalyse unter Verwendung des Standard -Lammpsdump -Formats wie folgt: < /p>
Wenn ich jedoch auf U.Trajectory.
mdanalysis geht davon aus, dass die Box bei Null beginnt und mir die Länge entlang x, y und z gibt. Dies führt zu Problemen, wenn ich versuche, Atome neu zu zentrieren. Gibt es eine Möglichkeit, auf die tatsächlichen XLO, XHI usw. zugreifen zu können (z. B. so etwas wie u.Trajectory.ts.xlo )? Oder muss ich die Dump -Datei manuell analysieren, um diese Werte abzurufen?
Danke!
Code: Select all
import MDAnalysis as mda
u = mda.Universe("datfile.data", "dump.LAMMPSDUMP")
< /code>
In meiner Lammps -Dump -Datei werden die Boxgrenzen explizit geschrieben und starten nicht bei '0', zum Beispiel: < /p>
ITEM: TIMESTEP
0
ITEM: NUMBER OF ATOMS
2197
ITEM: BOX BOUNDS pp pp pp
1.7831079224879716e+00 3.3421689207745555e+02
1.7831079224879716e+00 3.3421689207745555e+02
1.7831079224879716e+00 3.3421689207745555e+02
ITEM: ATOMS id type x y z vx vy vz
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332.43378, 332.43378, 332.43378, 90. , 90. , 90. mdanalysis geht davon aus, dass die Box bei Null beginnt und mir die Länge entlang x, y und z gibt. Dies führt zu Problemen, wenn ich versuche, Atome neu zu zentrieren. Gibt es eine Möglichkeit, auf die tatsächlichen XLO, XHI usw. zugreifen zu können (z. B. so etwas wie u.Trajectory.ts.xlo )? Oder muss ich die Dump -Datei manuell analysieren, um diese Werte abzurufen?
Danke!