Bestimmen Sie die Position einer eingefügten Zeichenfolge in einem anderen ⇐ Python

[Anonymous]

Nach diesem Beitrag gelang es mir, eine kleine Funktion zusammenzustellen, die in einem größeren Textkörper (FASTA) kürzer aus einer anderen Datei ermittelt wird (, z. Ich möchte jedoch für diese 100 Ereignisse drucken, bei denen genau sie in den größeren Textkörper hinzugefügt wurden-idealerweise Start-End , wenn nicht zu hart.

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###randomly selects 100 sequences and adds them to the FASTA
def insert (source_str, insert_str, pos):
return source_str[:pos] + insert_str + source_str[pos:]

def get_retro_text(genome, all_strings):
string_of_choice = [string for string in all_strings if 400 < len(string) <  500]
hundred_strings = random.sample(string_of_choice, k=100)

text_of_strings = []
for k in range(len(hundred_strings)):
text_of_strings.append(str(hundred_strings[k].seq))

single_string = ",".join(text_of_strings)
new_genome = insert(genome, single_string, random.randint(0, len(genome)))

return new_genome

big_genome = get_retro_text(body, s)

Bearbeiten Beispiel für die Struktur von Körper und s

Code: Select all

body

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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNtaaccctaaccctaacccta
accctaaccctaaccctaaccctaaccctaaccctaaccctaaccctaaccctaacccta
accctaaccctaaccctaaccctaacccaaccctaaccctaaccctaaccctaaccctaa
ccctaacccctaaccctaaccctaaccctaaccctaacctaaccctaaccctaaccctaa
ccctaaccctaaccctaaccctaaccctaacccctaaccctaaccctaaaccctaaaccc
taaccctaaccctaaccctaaccctaaccccaaccccaaccccaaccccaaccccaaccc
caaccctaacccctaaccctaaccctaaccctaccctaaccctaaccctaaccctaaccc
taaccctaacccctaacccctaaccctaaccctaaccctaaccctaaccctaaccctaac
ccctaaccctaaccctaaccctaaccctcgCGGTACCCTCAGCCGGCCCGCCCGCCCGGG
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GCACGCCCACCTGCTGGCAGCTGGGGACACTGCCGGGCCCTCTTGCTCCAACAGTACTGG
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TCAGCCTTTTCTTTGACCTCTTCTTTCTGTTCATGTGTATTTGCTGTCTCTTAGCCCAGA
CTTCCCGTGTCCTTTCCACCGGGCCTTTGAGAGGTCACAGGGTCTTGATGCTGTGGTCTT
CATCTGCAGGTGTCTGACTTCCAGCAACTGCTGGCCTGTGCCAGGGTGCAAGCTGAGCAC
TGGAGTGGAGTTTTCCTGTGGAGAGGAGCCATGCCTAGAGTGGGATGGGCCATTGTTCAT
< /code>
s

Code: Select all

['ATGACGAACACAAAGGGAAGGAGGAGAGGCACGCGATATATGTTCTCCAGACCTTTTAGAAAACACGGAGTTGTTCCTTTGGCCACATATATGCGAATCTATAAGAAAGGTGACATTGTAGGCATCAAGGGAATGCATACTGTTGAAAAAGGAATGCCCGCAAGTGTTACCATGGCAAAACTGGAAGAGCCTACAATGTTCCCCAGCACGCTCTTACGTTGTTGTTAAGGGCAAGATTCTCGCCAAGAGGATTAACGTGCGTATTGAGCACATTAAGCACTCTAAGAGCTGAGATGGCTTCCTGAAACGCGTGAAGGAAAATGATAAGATAAAGAAAGACGCCGAAGAGAAAGGTACCTGGGTTCAATTGAAGCGCCAGCCTGCTCCACCCAGAGAAGCACACTGTGTGAGAACCAATGGGAAGGAGCCTGAGCTGCTGGAACCTCTTCCCTATGAATTCATGGCC',
'ATGGGCAAGTTCATAAAACCTGGGAAAGTAGTGTTGGTCCAGGCCAGACACTACACCGGATGCTACTCTGGATGCAAAACCATCATCGTGAAGAACATTGATGATGGCACCTTAGAATGCCCCGTCAGCTGTTCTCTGGTGGCTGGAATTGACTGTTATCCTTGCAAGGTGACAGCTGCCATGGGCAAGAAGAGCACCCAGAGGTCAAAGACCAAGTCTTTTGTGAAAGTTTATAACTACAATCATCTCATGCCCACAAGGCACTCTGTGGATACCCCCTTGGACAAAACTGTCATCAACAAGGATGTCTTCAGAGACCCTGCTCTTAAACACAAGGCCCAAAGGAAGGCCAAAGTCAAAATCAAAGAGAGGTAAAACCTGGGCAAGAACAAGTGGCTCTTCCAAAAGCTGTGGTTT',
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