Ich habe auch versucht, das Beispiel aus ihrem Website-Tutorial zu reproduzieren (https://infercnvpy.readthedocs.io/en). /latest/notebooks/tutorial_3k.html), aber es wird der gleiche Fehler ausgegeben. Das bedeutet wahrscheinlich, dass das Problem bei mir liegt, aber ich kann nicht herausfinden, was falsch ist.
Ich habe versucht, alle Pakete und auch Python neu zu installieren, aber es hat nichts geklappt. Der Fehler deutet darauf hin, dass das Problem darin besteht, dass Pandas.Series kein Attribut wie ungleich Null hat, was nicht der Fall ist. Aber dann weiß ich nicht, was falsch ist oder wie ich dieses Problem lösen kann, da es sich um eine Funktion aus einem Paket handelt.
Kann mir jemand dabei helfen?
Fehlerbeschreibung
Code: Select all
AttributeError Traceback (most recent call last)
~\AppData\Local\Temp\ipykernel_9248\2255080222.py in ?()
1 import infercnvpy as cnv
----> 2 cnv.tl.cnv_score(adata, groupby="leiden")
d:\Datos de usuario\Desktop\Single Cell Analysis\Glioblastoma (GSE214966)\Glioblastoma-GSE214966\.venv\Lib\site-packages\infercnvpy\tl\_scores.py in ?(adata, groupby, use_rep, key_added, inplace, obs_key)
61 groupby = obs_key
62
63 if groupby not in adata.obs.columns and groupby == "cnv_leiden":
64 raise ValueError("`cnv_leiden` not found in `adata.obs`. Did you run `tl.leiden`?")
---> 65 cluster_score = {
66 cluster: np.mean(np.abs(adata.obsm[f"X_{use_rep}"][adata.obs[groupby] == cluster, :]))
67 for cluster in adata.obs[groupby].unique()
68 }
d:\Datos de usuario\Desktop\Single Cell Analysis\Glioblastoma (GSE214966)\Glioblastoma-GSE214966\.venv\Lib\site-packages\scipy\sparse\_index.py in ?(self, key)
29 def __getitem__(self, key):
---> 30 index, new_shape = self._validate_indices(key)
31
32 # 1D array
33 if len(index) == 1:
d:\Datos de usuario\Desktop\Single Cell Analysis\Glioblastoma (GSE214966)\Glioblastoma-GSE214966\.venv\Lib\site-packages\scipy\sparse\_index.py in ?(self, key)
265 if ix.shape != mid_shape:
266 raise IndexError(
267 f"bool index {i} has shape {mid_shape} instead of {ix.shape}"
268 )
--> 269 index.extend(ix.nonzero())
270 array_indices.extend(range(index_ndim, tmp_ndim))
271 index_ndim = tmp_ndim
272 else: # dense array
d:\Datos de usuario\Desktop\Single Cell Analysis\Glioblastoma (GSE214966)\Glioblastoma-GSE214966\.venv\Lib\site-packages\pandas\core\generic.py in ?(self, name)
6295 and name not in self._accessors
6296 and self._info_axis._can_hold_identifiers_and_holds_name(name)
6297 ):
6298 return self[name]
-> 6299 return object.__getattribute__(self, name)
AttributeError: 'Series' object has no attribute 'nonzero'
Code: Select all
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anndata 0.11.3
infercnvpy 0.5.0
matplotlib 3.10.0
numpy 1.26.4
openpyxl 3.1.5
pandas 2.2.3
scanpy 1.10.4
scipy 1.15.1
session_info 1.0.0
sklearn 1.6.1
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PIL 11.1.0
asttokens NA
attr 24.3.0
attrs 24.3.0
cairo 1.27.0
cattr NA
cattrs NA
certifi 2024.12.14
charset_normalizer 3.4.1
colorama 0.4.6
comm 0.2.2
cycler 0.12.1
...
Python 3.12.6 (tags/v3.12.6:a4a2d2b, Sep 6 2024, 20:11:23) [MSC v.1940 64 bit (AMD64)]
Windows-10-10.0.19045-SP0
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Session information updated at 2025-01-16 16:27