Snakemake: RuntimeError: Neuer Thread kann nicht gestartet werden ⇐ Python

[Anonymous]

Ich verwende einen Snakemake-Workflow, der:
1 Studien aus einer Datenbank herunterlädt. Eine Studie enthält Daten von mehreren Personen.

2 Teilen Sie jede Studie auf, um eine Datei pro Person zu erhalten.

3 Filtern Sie jede Person.
Wenn ich meinen Workflow für einige Studien ausführe, funktioniert alles einwandfrei, aber wenn ich meinen Workflow für viele Studien ausführe, wird die folgende Fehlermeldung angezeigt:
Befehl:

Code: Select all

snakemake --cores 3 --jobs 3 --resources mem_mb=7000 download_slots=1 \
--config config_path="shiny-app/configs/config.yaml"

Fehler:

Code: Select all

Select jobs to execute...
[Tue Jan 13 14:42:48 2026]
Finished jobid: 264 (Rule: study_filtering_complete)
3476 of 3532 steps (98%) done
Traceback (most recent call last):

File "/Users/victorcat/miniforge3/envs/snakemake/lib/python3.13/site-packages/snakemake/cli.py", line 2193, in args_to_api
dag_api.execute_workflow(
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^
executor=args.executor,
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
......
scheduler_settings=scheduler_settings,
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
)
^

File "/Users/victorcat/miniforge3/envs/snakemake/lib/python3.13/site-packages/snakemake/api.py", line 634, in execute_workflow
workflow.execute(
~~~~~~~~~~~~~~~~^
executor_plugin=executor_plugin,
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
......
updated_files=updated_files,
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
)
^

File "/Users/victorcat/miniforge3/envs/snakemake/lib/python3.13/site-packages/snakemake/workflow.py", line 1440, in execute
raise e

File "/Users/victorcat/miniforge3/envs/snakemake/lib/python3.13/site-packages/snakemake/workflow.py", line 1436, in execute
success = self.scheduler.schedule()

File "/Users/victorcat/miniforge3/envs/snakemake/lib/python3.13/site-packages/snakemake/scheduling/job_scheduler.py", line 402, in schedule
raise e

File "/Users/victorcat/miniforge3/envs/snakemake/lib/python3.13/site-packages/snakemake/scheduling/job_scheduler.py", line 391, in schedule
self._schedule_reevalutation(self.job_rate_limiter.timespan)
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

File "/Users/victorcat/miniforge3/envs/snakemake/lib/python3.13/site-packages/snakemake/scheduling/job_scheduler.py", line 408, in _schedule_reevalutation
).start()
~~~~~^^

File "/Users/victorcat/miniforge3/envs/snakemake/lib/python3.13/threading.py", line 976, in start
_start_joinable_thread(self._bootstrap, handle=self._handle,
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
daemon=self.daemon)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

RuntimeError: can't start new thread

Es scheint, dass Snakemake einen Job nach Abschluss des Jobs irgendwie offen hält, was dazu führt, dass er abstürzt, wenn wir das Ende des Workflows erreichen. Irgendeine Idee, wie man das löst?