So fügen Sie zufällig eine Liste von Sequenzen in einen Textkörper hinzu ⇐ Python

[Anonymous]

Dies ist einer meiner ersten Aufgaben mit dem tatsächlichen Python -Code. Sequenzen werden innerhalb eines anderen hinzugefügt, so dass sie schließlich nachgefragt werden können. Tatsächlich wäre es ideal, auch die Position zu kennen, in der jede Sequenz hinzugefügt wurde. Jede Hilfe wird sehr geschätzt! Ich kämpfe hauptsächlich mit dem letzten Teil, da ich es geschafft habe, eine Sequenz in einem anderen hinzuzufügen, aber ich kann dies nicht für ein Listenobjekt, siehe unten für Code und Fehler.
###library import
from Bio import SeqIO
import inspect
import random

###sequences handling
input_file = open("hs_sequences.txt")
my_dict = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse(input_file, "fasta"))
#my_dict

###compute sequence length
l = []
for i in my_dict.values():
l.append(len(i))
#l

###select sequences based on range-length estimates of abundance
seq_of_choice = [seq for seq in s if 400 < len(seq) < 500]

###import FASTA
def fasta_reader(filename):
from Bio.SeqIO.FastaIO import FastaIterator
with open(filename) as handle:
for record in FastaIterator(handle):
yield record

def custom_print(string):
counter=0
res=""
for char in string:
if counter==60:
print(res)
counter=0
res=""
continue
res+=char
counter+=1

for entry in fasta_reader("hg37_chr1-1000l.fna"):
print(str(entry.id))
custom_print(str(entry.seq))

body = str(entry.seq)

###import full genome
#example_full = SeqIO.index("hg37_23-only.fna", "fasta")
#example_full

###randomly selects 100 sequences and adds them to the FASTA
def insert (source_str, insert_str, pos):
return source_str[:pos] + insert_str + source_str[pos:]

i = 1
hundred_seqs = []
while i
In diesem Fall ist der Fehler < /p>

TypeError: Kann nur Stratacenat (nicht "list") zu str < /p>
< /blockquote>
, aber es funktioniert natürlich, wenn ich hundertsqs. Falls erforderlich, ist der .txt ziemlich klein, aber das Fasta -Genom ist nicht ...