Mein Ziel ist es also, dass eine Gruppe von Biologen eine Python-Bibliothek über die R-Sprache nutzt, da sie nur diese Sprache kennen. Die Bibliothek ist scSpectra, das ist keine wirklich verbreitete Bibliothek. Es gibt einige andere Bibliotheken, die sie benötigen, wie pyvis und rpy2.
Es gibt eine R-Bibliothek (Reticulate), die die Verwendung von Python-Skripten und -Bibliotheken ermöglicht. Das Ziel besteht darin, dass die Biologen eine Python-Umgebung auf ihrem Computer installieren und dann Reticulate in R verwenden, um die scSpectra-Bibliothek aufzurufen.
Ich habe Probleme mit der Installation von scSpectra auf meinem Computer. Daher denke ich, dass es nicht gut gehen wird, die Biologen zu bitten, die Bibliotheken zu installieren.
Was ist also der beste Weg, eine Python-Umgebung einfach zu teilen?
Ich habe versucht, eine zu erstellen Python Venv, aber da ist etwas schief gelaufen. Die Installation mit pip rpy2 und pyvis verlief gut, aber wenn ich versuche, scSpectra zu installieren, geht bei der Installation von numpy etwas schief (scSpectra benötigt einen bestimmten Versionsbereich). Ich habe keine Lösung für das Problem gefunden.
Ich habe dann versucht, eine Conda-Umgebung zu erstellen, aber ich habe immer noch Probleme beim Herunterladen von Numpy, die ich dieses Mal lösen kann. Ich weiß nicht, ob ich diese Umgebung auf irgendeine Weise teilen kann...
Meine letzte Vermutung ist die Verwendung von Docker, aber ich habe es noch nie verwendet, also weiß ich es nicht ob es mit der „reticulate“ R-Bibliothek kompatibel sein kann.
Was ist der einfachste Weg, eine Python-Umgebung zu teilen? ⇐ Python
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